تتبع المحمية إدارياً مركز يوسف الصديق ومحورها بحيرة قارون التي تعد الأثر المتبقي لبحيرة موريس القديمة والتي كانت من أغنى مراكز الصيد القديمة ولذلك تعد من أقدم البحيرات الطبيعية. تحدث هيرودوت عن بحيرة صناعية غير طبيعية حفرتها أيدى البشر في عهد الملك أمينوفيس وكانت مساحتها تقرب من نحو 2800 كم²، أي بما يزيد على مساحة بحيرة قارون الحالية بأكثر من مائة مرة، كما كانت أعمق منها بكثير وكان في وسطها هرمان يغمرهما الماء إلى منتصفهما وقت الفيضان. وكانت تلك البحيرة تغص بالصيادين الذين كانوا يؤدون ضريبة على محصول الصيد للخزانة الفرعونية. تعتبر بحيرة قارون حالياً من البحيرات الداخلية حيث لا تتصل بالبحر، وتبلغ مساحتها حوالي 250 كم² بما يعادل 55 ألف فدان.
كانت مياه البحيرة عذبة ومصايدها مزدهرة حتى عهد قريب، ولكن قل إنتاجها من الأسماك النيلية بسبب حرمانها من مياه الفيضان العذبة المحملة بالمخصبات وزيادة معدل البخر وتراكم أملاح مياه الصرف دون معالجة مما أدى إلى ارتفاع ملوحة مياهها، فأصبحت بيئتها تقترب من البيئة البحرية فانقرضت بذلك أنواع الأسماك النيلية مثل القرموط والثعابين والبني واللبيس والبياض فيما عدا البلطي الأخضر الذي له القدرة على التكيف مع الملوحة بدرجه عالية، وازدهرت فيها أسماك البوري والطوبار التي تنقل زريعتها للبحيرة بالملايين سنوياً وتأقلم بها أيضاً أسماك الموسى وزريعة أسماك الدنيس والقاروص وبعض القشريات (الجمبري) ونجحت تربيتها في البحيرة. ونتج عن نقل زريعة الأسماك البحرية إلى البحيرة أن عمرت البحيرة ببعض الأحياء النباتية والحيوانية الأخرى التي تعيش في البحر المتوسط والتي يصلح بعضها كغذاء لأسماك البحيرة ومن ضمن تلك الأحياء طحلب أحمر من نوع "بوليسيفونيا".[13]
أعلنت منطقة بحيرة قارون محمية طبيعية بقرار رئيس مجلس الوزراء رقم 943 لسنة 1989 والمعدل بالقرار رقم 2954 لسنة 1997 بمساحة إجمالية حوالى 1385 كم². يشتمل الجزء الشمالي للبحيرة على منطقة جبل قطراني التي اشتهرت يتوافر رواسب حفرية بحرية ونهرية وقارية يرجع عمرها إلى حوالي 40 مليون سنة، وحفريات ثديية عمرها حوالى 3 - 10 مليون سنة والتي ظهر فيها حفريات أقدم قرد في العالم يسمى ايجيبتوثكس، وحيوان الأرسينويثيريم "حيوان الفيوم القديم - يشبه الخرتيت في الشكل ويختلف عنه في وجود أربعة قرون ممتدة من الجمجمة وليس قرنين من الطبقة الجلدية"، كما يوجد أسلاف فرس النهر، والدرافيل، وأسماك القرش، وأسلاف الطيور، وبعض الأشجار المتحجرة. وكذلك توجد بعض التكوينات الجيولوجية في شمال شرق البحيرة وبعض المستنقعات المائية التي تضم مجموعات نباتية متنوعة تتوافد إليها كثير من الطيور المهاجرة والمقيمة في فصل الشتاء كما توجد منطقة بطن البقرة في منتصف الساحل الشمالي وجزيرة القرن الذهبي في منتصف البحيرة التي يتجمع بها ما لا يقل عن 20 ألف طائر من طيور النورس سنوياً. كما تحتوي الجزيرة على 7 هياكل للحيتان، وتجمعات من الحمام البري بالإضافة إلى الضب المصري والورل وغيرها. كما توجد بعض المناطق الأثرية في مواقع على سواحل البحيرة منها منطقة الكنائس ومعبد قصر الصاغة ومنطقة أهربت ودير أبو ليفة وغيرها، وبعض الآثار لإنسان ما قبل التاريخ. وفي شمال قارون توجد المحاجر الفرعونية المعروفة باسم "ودان الفرس" التي تتكون من عدة وحدات أثرية مترابطة وتعتبر من أقدم المحاجر التي يرجع تاريخها إلى حوالى 2500 سنة ق.م. أما الساحل الجنوبي فيتميز ببيئة زراعية وأنشطة سياحية وصيد الأسماك ويشتمل على مناطق تحتوي على آثار تاريخية مثل "معبد قصر قارون، فيلادلفيا، واطفة" كما توجد بعض المنشآت السياحية المقامة حول سواحل البحيرة وبعض القرى التي يشتغل أهلها بصيد الأسماك وبعض من البدو الرحل الذين يقومون برعي الأغنام والإبل بالمنطقة
وادي الريان هو منخفض عميق من الحجر الجيري الإيسوني، وتقع المحمية على مسافة 170 كم تقريباً من القاهرة جنوب غرب منخفض الفيوم، وتتبع إدارياً مركز يوسف الصديق، فيما تقدر مساحتها الإجمالية بنحو 1759 كم²، وينخفض مستوى الوادي عن مستوى سطح البحر بحوالي 42 متر. يشتهر الوادي بشلالاته العديدة وجماله الطبيعي حيث يعتبر بيئة طبيعية للحيوانات البرية والطيور المهاجرة النادرة. أعلنت منطقة وادي الريان محمية طبيعية بقرار رئيس مجلس الوزراء رقم 943 لسنة 1989 والمعدل بالقرار رقم 2954 لسنة 1997 بهدف حماية الموارد البيولوجية والجيولوجية الفريدة بالمنقطة.
بدأت البحيرتان الموجودتان في وادي الريان في التشكل عام 1973 عندما تم غمر المنخفض الصحراوي بالوادي بفائض مياه الصرف الزراعي، فتشكلت البحيرة العليا ومساحتها حوالي 55 كم² والبحيرة السفلى ومساحتها حوالي 58 كم² ونشأت حول شواطئها أحراش من البوص موفرة بيئة طبيعية وهادئة وخالية من التلوث. فيما يصل بين البحيرتين، شلالات وادي الريان الشهيرة.
تنقسم المحمية إلى ثلاث مناطق بهدف الحماية وهي: منطقة حماية طبيعية وتشمل الجزء الجنوبي من الوادي بمساحة حوالى 160 كم² وتتميز بكساء نباتي يحتوى على عدة أنواع من النباتات البرية مثل الأتل والعاقول والغردق والحلفا والغاب وأشجار النخيل، ويحظر الصيد فيها بجميع أنواعه كما يحظر بأية أعمال من شأنها تدمير البيئة الطبيعية أو تغييرها مثل الرعي أو تقطيع النباتات أو أية أنشطة أخرى. منطقة محايدة شمال المنطقة الأولى شرقاً وغرباً وتقدر مساحتها بحوالي 25 كم² وتحتوى على صخرة المدورة ويحظر الصيد فيها بكافة أنواعه. منطقة استغلال وجذب سياحي وتشمل الجزء الشمالي والشمالي الشرقي من الوادي وتبلغ مساحتها 125 كم².
يتضمن الوادي عدة مناطق هامة هي: منطقة الشلالات التي تصل بين البحيرتين، منطقة عيون الريان أو "واحة العيوان" وتقع في الجنوب الغربي من المحمية وتبلغ مساحتها حوالي 23 كم² وتتكون من كثبان رملية كثيفة متحركة ويوجد بها أربعة عيون طبيعية كبريتية وتحتوي على 16 نوعاً من النباتات الصحراوية وبالقرب منها يوجد نخيل البلح والعبل والحجنة وحوالي 15 نوعاً من الحيوانات أهمها الغزال المصري والفك وثعلب الرمال والثعلب الأحمر والذئب المصري وحوالي 16 نوعاً من الطيور المقيمة والمهاجرة، منطقة جبل الريان أو "مناقير الريان" وتحيط بالمنطقة الجنوبية والجنوبية الغربية لمنطقة العيون وتوجد بها أنواعاً مختلفة من الطيور المهاجرة والمقيمة وأهمها صقر شاهين والصقر الحر كما تحتوي على حفريات بحرية وبعض الآثار، منطقة جبل المدورة وتقع بالقرب من البحيرة السفلى وبه جبل بين النهدين كما تحتوي الصخور الجيرية بجبل المدورة على حفريات متنوعة أخرى لكائنات بحرية من عصر الأيوسين المتوسط.
يقع وادي الحيتان "منطقة جارة جهنم" بالشمال الغربي لمحمية وادي الريان، ويتضمّن بقايا أحفوريّة متحجّرة يرجع عمرها إلى حوالي 40 مليون عام لهياكل متحجرة لحيتان بدائية وأسنان سمك القرش وأصداف وغيرها من الحيوانات البحرية المنقرضة. يعتبر الوادي متحفاً مفتوحاً وتمثّل تلك البقايا المتحجرة التي تحتضنها إحدى أبرز محطات تطوّر الحيتان من ثدييات بريّة إلى ثدييات بحريّة، وهو أكبر مواقع العالم الشاهدة على هذه المرحلة من التطوّر حيث يعكس طبيعة الحيتان وحياتها في خلال فترة تحوّلها. في يوليو 2005 قررت اليونسكو في اجتماع لجنة التراث العالمي الذي استضافته مدينة دربن بجنوب أفريقيا تسجيل المنطقة بقائمة المحميات الطبيعية كأول موقع طبيعي مصري يتم تسجيله بالقائمة كتراث طبيعي عالمي، وذلك لما ساهم به اكتشاف الوادي من مساعدة العلماء على معرفة مراحل تطور حياة هذا الكائن الثديي.
في 14 يناير 2016 افتتح متحف الحفريات وتغير المناخ في محمية وادي الحيتان، وأنشئ من قبل برنامج الأمم المتحدة الإنمائي بالتعاون مع الحكومة المصرية ودعم الحكومة الإيطالية ضمن مجموعة من الإجراءات التي يتم تنفيذها لدعم الحفاظ على المحميات الطبيعية وتشجيع السياحة البيئية. يعرض المتحف حوت "الباسيلو سورس إيزيس" وهو أضخم حوت متحجر، بالإضافة إلى مجموعة فريدة من حفريات الفقريات ذات القيمة العلمية بتلك المنطقة والتي تظهر تحول وادي الحيتان نتيجة لتغير المناخ من بحر إلى صحراء خلال ملايين السنين. يعد المتحف هو الأول من نوعه في الشرق الأوسط، ويمتاز بتصميمه المعماري المتماشي مع طبيعة المكان.
© جميع الحقوق محفوظة لوزارة التخطيط والمتابعة والإصلاح الإداري